El concentrado de proteína de leche contiene 80 % de caseína y 20 % de proteína de suero lácteo, mientras que el concentrado de proteína de suero lácteo está compuesto únicamente por proteína de suero lácteo. La caseína y las proteínas de suero lácteo reaccionan de manera muy distinta frente a diversas condiciones, por lo que es fundamental comprender cómo reaccionará cada una en el uso que usted les dará.

Las caseínas suelen ser buenas como emulsionantes de grasa, espumantes y como creadoras de enlaces químicos con agua. Además tienen estabilidad térmica, siempre que el pH del producto en el que se las use sea mayor a 6.  Cuando el pH es inferior a 6, las caseínas forman geles ácidos. Este proceso es el que comúnmente sucede durante la fermentación de la leche para elaborar queso y Yogurt.   

Las proteínas de suero lácteo son conocidas por su capacidad espumante, sus propiedades gelificantes, su alta solubilidad y un rango amplio de pH y sensibilidad térmica. En contraste con la caseína, las proteínas de suero lácteo se desnaturalizan ante temperaturas superiores a los 145 ºF y forman un gel a una concentración lo suficientemente elevada (alrededor del 7 % de proteína). Las proteínas de suero lácteo no forman geles ácidos como la caseína, lo cual es una diferencia clave al momento de decidir qué proteína de lácteo usar para elaborar yogurt.