O MPC contém 80% de caseína e 20% de proteínas do soro de leite, enquanto que o WPC contém apenas proteínas do soro de leite. A caseína e as proteínas do soro de leite reagem de maneiras muito diferentes dependendo da condição a que foram expostas, portanto, é importante entender como cada proteína reagirá na sua aplicação.

As caseínas geralmente são boas para emulsificar gordura, criar espumas e ligar à água, tendo também uma boa estabilidade de temperatura, desde que o pH da aplicação na qual serão usadas seja superior a 6. Quando o pH está abaixo de 6, as caseínas formam géis ácidos, que, usualmente, provém da fermentação do leite em iogurtes e queijos.   

As proteínas do soro de leite são conhecidas pela capacidade de formação de espuma, propriedades de gelificação, alta solubilidade em uma ampla gama de valores de pH e sensibilidade ao calor. Diferentemente da caseína, as proteínas do soro de leite têm suas propriedades modificadas se submetidas a temperaturas a partir de 63 ºC e, nesse caso, as proteínas acabam formando um gel a uma concentração alta o suficiente (cerca de 7% de proteína). As proteínas do soro de leite não formam géis ácidos como as caseínas, o que é uma diferença importante a se considerar no momento de escolher um ingrediente à base de proteína láctea para um iogurte.